Le RMT (Réseau Mixte Technologique) HoloPilot a été officiellement accepté par le Ministère de l’Agriculture, de l’Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire pour 5 ans (2026-2030). Il est porté par Arvalis et co-animé par Vegenov et INRAE. L’animation scientifique, technique et la formation sont animées par INRAE, le CTIFL, Unilasalle, Université de Bourgogne Europe, AgroParis tech et le lycée d’Yvetot. Ce RMT part du constat qu’il est aujourd’hui essentiel de mieux comprendre l’effet des pratiques agronomiques sur la structuration de la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes, ainsi que la manière dont les plantes façonnent ces communautés pour constituer un holobionte performant, de la racine aux parties aériennes.
L’objectif final est de concevoir des agrosystèmes productifs, économes en intrants, robustes et résilients face aux changements, qu’ils soient climatiques ou sociétaux. Le RMT HoloPilot y contribuera en fédérant et structurant la communauté scientifique et technique, en décloisonnant les travaux des disciplines concernées et en favorisant les échanges entre acteurs académiques, du développement agricole et de la formation.
Ce RMT marque une évolution dans les intérêts S&T de la communauté, Vegenov avait auparavant co-animé les RMT Elicitra, puis Bestim qui étaient focalisés sur la stimulation des défenses des plantes dans un contexte agroécologique.
Pourquoi s’intéresser aux holobiontes végétaux ?
Chaque plante est un holobionte, c’est‑à‑dire un organisme composé de l’hôte végétal et de l’ensemble des micro-organismes qui vivent en interaction avec lui : bactéries, champignons, protistes, virus…
Ces microbiotes jouent un rôle essentiel à toutes les étapes de la production agricole :
- la nutrition et la croissance de la plante,
- la santé et la résistance aux bioagresseurs,
- l’adaptation aux stress climatiques,
- la qualité et la durabilité des systèmes de production.
Comprendre comment ces communautés se structurent, comment les pratiques agricoles les influencent, et comment orienter leur fonctionnement devient un levier stratégique pour concevoir des agrosystèmes productifs, économes en intrants et résilients.
Les ambitions du RMT HoloPilot
Sur la période 2026–2030, le RMT HoloPilot se donne pour objectifs de :
- Structurer et animer une communauté nationale autour de l’holobionte végétal : chercheurs, instituts techniques, conseillers, enseignants, entreprises, organismes agricoles…
- Développer des outils et référentiels opérationnels : indicateurs fonctionnels, protocoles, approches holo-omiques, méthodes de diagnostic…
- Accélérer le transfert des connaissances et innovations vers le terrain : leviers agronomiques, ingénierie du microbiote, pratiques culturales favorables …
- Former étudiants, conseillers et agriculteurs grâce à un large dispositif pédagogique (MOOC, fresque de l’holobionte, ressources techniques, appui aux établissements).
Périmètre et positionnement des actions du RMT HoloPilot
HoloPilot est un RMT au périmètre volontairement large, qui couvre l’ensemble des filières végétales : grandes cultures, maraîchage, viticulture, arboriculture, horticulture…
Au sein des filières, l’ensemble des échelles et compartiments sera considéré, de la graine à la parcelle, ainsi que l’ensemble des services rendus à la plante par ces interactions hôte-micro-organismes (croissance de la plante, nutrition des plantes, résistance aux stress biotiques et abiotiques).
3 axes scientifiques et techniques :
- Caractérisation et compréhension fonctionnelle des holobiontes
- Leviers de gestion et pilotage du microbiote
- Transfert au terrain et intégration dans les systèmes de culture
2 axes transversaux
Axe 4 : Formation initiale et continue
Axe 5 : Communication et partenariats scientifiques et techniques
Une dynamique qui a démarré le 8 avril à Paris
La réunion de lancement, organisée le 8 avril à Paris, a réuni tous les partenaires pour :
- Officialiser le démarrage du RMT,
- Créer et renforcer les liens entre les acteurs du réseau.
- Partager et enrichir les feuilles de route des différents axes
- Démarrer certains travaux et mettre en route des groupes de travail,
Cette journée a marqué le début d’une aventure collective ambitieuse, au service de la transformation des pratiques agricoles grâce à une meilleure prise en compte du vivant microscopique qui accompagne les plantes.
Le RMT HoloPilot est financé dans le cadre du Compte d’Affectation Spéciale pour le Développement Agricole et Rural (CASDAR), sous l’égide du Ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté alimentaire.
Auteur :
Marie Turner, Qualité et Santé des Plantes
Crédits photos :
Image à la une générée par l'IA - Open AI
