Détection ciblée
Le dépistage, le plus précocement possible, d’un foyer bactérien, viral ou fongique infectieux dans une culture est aujourd’hui primordial pour limiter le développement de maladies économiquement importantes et réduire le nombre de traitements phytosanitaires. Nous disposons de tests de détection moléculaire ciblés par qPCR (méthode semi-quantitative) pour une quarantaine d’agents pathogènes (liste sur demande) et pouvons en développer sur mesure en fonction de vos problématiques d’intérêt.
Nous pouvons également développer et utiliser ces outils moléculaires pour la détection et le suivi de micro-organismes bénéfiques, tels que les agents de biocontrôle (Bacillus, Trichoderma, etc.). Nous pouvons travailler avec plusieurs types d’échantillons (sols, eaux, semences, racines, feuilles, écorces) et pouvons également mettre à disposition des outils pour le prélèvement d’air afin de capter les spores aéroportés (captage de spores) avant analyse.
Détection globale
L’analyse de la microflore peut également être réalisée par des approches globales, lorsque les micro-organismes à identifier ne sont pas connus, grâce à diverses techniques de séquençage. Pour cela, nous travaillons :
- Soit avec du barcoding (séquençage de régions spécifiques du génome) ou du séquençage de génomes complet, lorsqu’il s’agit d’identifier un micro-organisme préalable isolé (culture clonale).
- Soit avec du métabarcoding (séquençage de régions spécifiques de plusieurs génomes), lorsqu’il s’agit de travailler à partir d’un échantillon complexe, comprenant une diversité de micro-organismes.
Outils d’Aide à la Décision (OAD)
L’utilisation d’OAD permet une utilisation raisonnée des produits de protection des plantes grâce à un positionnement judicieux en fonction du risque d’infection du pathogène. Ces outils prennent en compte notamment les paramètres physiologiques et génétiques de la plante, les données climatiques et la nature du produit utilisé. Les prévisions peuvent être affinées grâce à une meilleure connaissance de la biologie du pathogène et de sa présence dans la culture. Nous disposons d’outils moléculaires permettant la détection et la quantification des spores de pathogènes (notamment par captage de spores), ainsi que d’outils de phénotypage macro et microscopiques, in planta ou in vitro, qui nous permettent de mieux comprendre la biologie et le cycle de développement des agents pathogènes. Nous pouvons ainsi contribuer au développement d’OAD fiables et robustes.
Croissance et développement des microorganismes
Mieux comprendre la biologie d’un agent pathogène ou d’un micro-organisme bénéfique, son cycle de développement, les conditions qui lui sont favorables ou défavorables, est nécessaire pour envisager une lutte efficace à son encontre ou au contraire pour favoriser son développement. Nous disposons d’une collection de 300 souches et nous avons développé des protocoles permettant l’étude de près de 35 maladies bactériennes ou fongiques, sur des espèces de grande culture, cultures légumières ou autres cultures spécialisées. Nos outils de phénotypage macro et microscopiques, in planta ou in vitro, nous permettent de mieux comprendre les agents pathogènes ou micro-organismes bénéfiques et ainsi travailler plus finement au positionnement des produits de protection ou au développement d’OAD (outils d’aide à la décision).
